上海市气功研究所是上海中医药大学附属单位，是国内目前规模最大的气功专业研究机构。其发展过程经历了上海市气功疗养所、上海中医研究所、上海市气功研究所三个阶段。

上海市气功疗养所成立于1957年7月，直属上海市卫生局领导。所长陈涛，顾问蒋维乔。设有病房和门诊。1965年6月上海市气功疗养所建制撤消，门诊部归并曙光医院，其余人员划入龙华医院。龙华医院后以原上海市气功疗养所人员为主，成立气功门诊部。
上海中医研究所成立于1972年2月。1980年3月根据卫生部意见，进行了调整，继承原上海市气功疗养所的传统，转而以研究气功为主，将原有的气功研究室扩充为气功原理研究室、气功效应研究室、气功文献情报研究室等，1980年4月，龙华医院气功门诊室划归该所，作为气功研究门诊，对外开放。所长林海。1985年3月更名为上海市气功研究所。

上海市气功研究所成立于1985年3月12日挂牌，是上海中医药大学附属单位，是目前国内规模最大的气功专业研究机构，以“坚持科学、加强团结、提高素质、走向世界”为办所方针。1986年5月一批原属上海市气功疗养所的文献图书自龙华医院划归。目前业务机构设置有医学气功综合实验室、气功教研室、气功文献情报研究室、医疗门诊部，承担国家各级各类科研课题及有关横向协作课题，为社会提供气功等医疗服务，重视对外交流和国际合作，定期召开国际气功学术会议，举办各类国际气功班。为全国两个气功硕士授予点之一。